学校以医学学科为主，现有6个自治区“十三五”重点学科，其中2个高峰学科、4个高原学科；临床医学学科进入ESI全球排名前1%；5个一级学科博士学位授权点，2个专业学位博士授权点；10个一级学科硕士学位授权点，8个专业学位硕士授权点；2个博士后科研工作站、3个博士后科研流动站。

学校立足新疆及周边地区重大疾病、特高发疾病防治和区域特殊药物资源开发开展研究，成绩斐然。2018年，获得科研项目379项，经费6914.88万元，纵向项目359项，经费6566.18万元，横向项目20项，经费348.7万元。其中，获得国家自然科学基金重点项目资助1项，直接经费294万元，是新疆高校2018年获得的唯一一项重点项目。2018年，公开发表学术论文3012篇，发表SCI论文499篇，较上年增长59.93%。在国际顶尖学术期刊《Science》杂志发表与武汉大学最新合作成果，影响因子高达41.058，实现新疆生命医学研究领域重大突破。自治区科技进步奖数量连续十年蝉联全疆高校第一，2018年获自治区科技奖14项，其中一等奖3项、二等奖6项、三等奖5项。

学校共有实习基地134家，其中直属附属医院6所，非隶属附属医院6所。学校临床教学及实习基地集中了全疆优质资源、优势凸显，初步实现了“小病不出乡、大病不出县、疑难危重病不出疆”的目标。学校6所直属附属医院均为三级甲等医院、临床医学院，开放床位数近一万余张，其中第一附属医院在2017-2018年“中国顶级医院竞争力100强名单”中名列第55位；第二附属医院是国家老年疾病临床医学研究中心新疆分中心；第三附属医院是国家癌症中心新疆分中心；第四附属医院是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地；第五附属医院是中国妇女发展基金会“母亲微笑行动”定点医院；第六附属医院是新疆医科大学中亚骨科中心。

学校不断加强与国内外知名高校的交流合作。2011年教育部确定中南大学、吉林大学、北京中医药大学为我校全面对口支援高校，同时还与复旦大学、中山大学、中国药科大学等20余所大学建立了长期援疆共建合作关系，各高校选派援疆干部专家实施精准援疆、目标援疆、团队援疆等形式，促进了学校办学水平的全面提升。

学校与美、俄、日、英、法、德、巴基斯坦等多个国家的大学及研究机构建立了校际合作关系。特别是近几年来，学校国际教育的规模和质量不断提升，学历被阿联酋、沙特、巴基斯坦、巴林等多个国家认可。目前，学校有含博士、硕士、本科层次学历教育留学生564人，被教育部授予首批接受政府奖学金的高校、来华留学生教育先进集体。2011年被批准成为自治区首批来疆留学高校示范基地。

依托现有12个国家临床重点专科和85个自治区临床重点专科，学校在周边国家及地区的影响力明显增强，为丝绸之路经济带核心区建设做出了突出贡献。

立足新时代，开启新征程，新疆医科大学将高举习近平新时代中国特色社会主义思想的伟大旗帜，紧紧围绕立德树人的根本任务，肩负“健康中国”的历史使命，不忘初心、矢志奉献，努力打造集医学教育、医疗服务、医学研究、健康产业“四位一体”的航空母舰，为新疆社会稳定和长治久安，为中华民族伟大复兴努力奋斗。