学校1958年开始招收五年制本科学生，1978年招收硕士研究生，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程一级学科博士点和临床医学专业学位博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、医学技术、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理等12个一级学科硕士点，临床医学、生物医学工程、口腔医学、护理、公共管理、药学、公共卫生、应用心理等8个专业硕士学位授权点；设有临床医学一级学科博士后科研流动站。学校位列ESI全国高校综合排名第74名，临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、材料科学、化学6个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学专业进入ESI全球排名前0.2%。拥有1个省部共建国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1 个国家临床医学研究中心（眼科疾病）、1个国家国际科技合作基地、1个国家国际联合研究中心、18个省部级重点实验室（研究中心）、1个浙江省“2011协同创新中心”，1个浙江省哲学社会科学重点研究基地。2个浙江省“重中之重一级学科”，3个浙江省A类一流学科、7个B类一流学科，10个浙江省高校重点学科，2个浙江省重点建设学科。


 学校坚持以社会需求为导向，以百姓满意为宗旨，着力培养有情怀有自信、能做事能创新的优秀医学人才。学校现有27个本科招生专业，涉及医学、理学、工学、管理学等四大学科门类。有全日制在校生17155人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院），其中博士研究生167人，硕士研究生3121人，学历教育留学生840余人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。人才培养质量稳步提升，临床医学类毕业生参加国家执业医师资格考试通过率一直位居全国前10%。据省教育评估院最新数据，我校2015届（毕业后3年）毕业生就业整体竞争力居省重点建设高校第一；2017届（毕业后一年）本专科毕业生职业发展与人才培养质量总排名在省重点建设高校中位列第二。

学校秉持“仁肃勤朴、求是奋发”的校训，坚持特色立校、人才强校、文化兴校，逐渐形成了“以特色学科引领和带动全面发展，以推进国际化进程提升办学水平，以医疗和产学研一体化服务于地方经济社会发展”的办学特色，探索出了一条地方高等院校的强校之路。

 学校的发展定位是：以本科教育为主，积极发展研究生教育；以医学学科为重点，多学科协调发展；立足浙江，服务全国，面向世界；办学特色鲜明、国内一流、有国际影响的应用研究型大学。