医院设菱湖和东江新城两院区。菱湖院区坐落在美丽的西子湖畔、菱湖之旁，现有编制床位400张，占地面积2.3万平方米，建筑面积2.5万平方米。东江新城院区位于惠州市大湖溪东江新城东升二路，是市委、市政府“八大民心工程”重点建设项目之一，占地面积5.9万平方米，建筑面积5.5万平方米，设床位500张。

作为惠州市中医药事业发展的“龙头”，中医名家汇集的主要阵地，惠州人民养生保健的主要场所，惠州市中医医院依傍美丽的东江、百草文化的罗浮山，努力传承中医药文化，发挥中医药简、便、验、廉的特色优势，服务于惠州和岭南地区百姓健康，在惠州市中医药事业发展进程中起到了重要的先锋作用。“崇德笃学敬业济世”的医院精神在这里生生不息、代代相传。 医院设急诊科、骨伤科、内科、外科、妇科、儿科、五官科、肛肠科、口腔科、ICU、针灸康复科等临床科室。

​​​​​​​医院狠抓专科建设和学科建设，积极开展创名院、建名科、树名医工程。目前，骨伤科是广东省中医药局“十一五”中医重点专科，内分泌科、针灸科、心血管科、脑病科、脾胃病科、妇科是广东省中医药局“十二五”中医重点专科建设项目，糖尿病科、妇科、针灸科是惠州市中医重点专科，脑病、心病是惠州市中医重点专病。医院在技术上追求精益求精，在服务上追求至善至美，在信誉上追求诚信可靠，赢得了广大患者的信赖和赞誉。

专科专病：设有妇科、宫颈病变专科、月经病专科、不孕症专科、产科、围产期保健、高危妊娠专科。

临床医疗(妇科)：可进行宫颈癌筛查，包括人乳头瘤状病毒（HPV）检测、宫颈液基细胞学（TCT）检查、阴道镜、宫颈组织活检、宫颈LEEP治疗等。能处理多种妇产科疑难重症并能承担妇产科的各种大型手术，可对子宫肌瘤、卵巢肿瘤、子宫内膜异位症、子宫腺肌症、异位妊娠等行开腹或腹腔镜手术治疗，可在宫腔镜下对子宫内膜息肉、子宫粘膜下肌瘤、子宫纵膈、宫腔粘连等进行手术治疗，并可通过宫腹腔镜联合手术治疗不孕症。注重手术后的中医辨证体质调护，促进患者康复。

临床医疗（产科）：开展围产期保健，可进行胎儿畸形B超筛查、无创染色体异常筛查等，具有高危妊娠检测及处理能力。拥有产房4间，独立温馨产房2间，新生儿游泳室1间，配有多功能产床、新生儿抢救辐射台、听力筛查仪、蓝光治疗仪、胎心音监护仪中央监控系统，母婴监护仪。新生儿由新生儿专科医生管理。

“十一五”以来，惠州市中医医院进入了一个新的历史发展时期，在学科建设、人才培养、教学科研等各方面都取得了显著成绩。尤其是东江新城院区的建设，为医院发展拓宽了空间，加快了医院实现美好愿景的步伐，开启了医院不断发展壮大、跨越发展的新篇章。