医院始建于1953年5月，是由政府举办，不以营利为目的，具有公共卫生性质的非营利性公益一类全额拨款卫生事业单位，集预防、保健、临床、急救、科研、教学于一体，属二级甲等妇幼保健机构。前身为邵阳市妇幼保健所，有妇幼保健人员5人，主要负责市区内新法接生的宣传，接生员的培训与管理。

1958年以后数度整合：1986年地、市妇幼保健站（所）合并为邵阳市妇幼保健所；1994年升格为副处级事业单位，改称邵阳市妇幼保健院。秉乘“母亲安全，儿童优先”妇幼方针，担负着全市12个县（市、区）的妇幼健康服务、重大公共卫生项目、科研教学、基层技术指导、计划生育服务等多项工作，为降低全市的孕产妇死亡率、五岁以下儿童死亡率和提高出生缺陷防控率做出了重大贡献。

医院按国家卫生计生委关于妇幼保健机构业务科室设置要求设立了“四部二中心”，即“妇女保健部、儿童保健部、孕产妇保健部、计划生育部、医学遗传中心、新生儿疾病筛查中心”，围绕妇女儿童全生命周期开展健康服务。现开设急诊科、妇科、产科、妇女保健科、儿科、新生儿科、儿童保健科、儿童早教康复科、遗传优生科、生殖医学科、超声影像科、病理科等科室。

开展妇女保健、不孕不育、儿童早教康复、产前筛查及诊断、新生儿疾病筛查、新生儿危急重症诊治、产后盆底康复、妇产科微创手术、宫颈疾病诊治、病理检验等优质特色服务。设有邵阳市唯一一家经湖南省卫生计生委批准的产前诊断中心、新生儿疾病筛查中心。

同时作为我市唯一的出生缺陷防控中心，开展产前筛查与诊断、羊水穿刺染色体遗传学检查、新生儿疾病筛查、细胞染色体培养、无创DNA检测、地中海贫血筛查与诊断、染色体微阵列（CMA）、遗传咨询与指导等，为出生缺陷防控提供了强有力的技术保障。