医院着力构建特色学科群，学科建设成绩显著。拥有国家临床重点专科10个：心血管内科、血液内科、重症医学科、地方病科、呼吸内科、普通外科、急诊医学科、老年病科、肿瘤科、临床护理。国家中医药管理局重点专科1个：中医脑病科。病理科是国家临床重点专科建设项目；中医脾胃病科是国家中医药管理局重点专科建设项目。

拥有6个广西临床重点专科：肾内科、小儿内科、神经内科、神经外科、麻醉科、护理学；9个广西临床重点专科建设项目：消化内科、产科、感染性疾病科、内分泌科、康复医学科、妇科、骨科、血液内科、医学影像科；6个广西高校重点学科：儿科学、内科学、外科学、耳鼻咽喉头颈外科学、病理学与病理生理学、急诊医学。

6个广西医疗卫生重点学科：创伤骨科中心、普通外科、心血管科、呼吸疾病研究所、耳鼻咽喉头颈外科学、儿科学；6个广西医疗卫生重点建设学科：泌尿科学研究所、神经病学科、中西医结合临床、急诊医学、生殖医学研究中心、血液内科；6个广西妇幼健康服务重点学科：妇科学、产科学、儿科学、超声医学、医学遗传学、生殖医学。

在“中国医院各学科综合指数排行榜”中位列全国第22名，13个学科进入全国前30名。在复旦大学医院管理研究所发布的“2017中国医院综合实力排行榜”中，位列华南区第三名，其中有耳鼻喉科、心脏外科、消化内科、普通外科等34个学科在专科声誉排榜中名列华南区前五。同时也是广西进入中国医院科技影响力排行榜TOP100的医院。