上海交通大学医学院由中华人民共和国教育部、中华人民共和国卫生部和上海市人民政府共建，位列“211工程”、“985工程”、“双一流”，入选中国首批“卓越医生教育培养计划”，是国家级临床技能实验示范中心学科组长单位、上海市卓越医学教育计划专家组组长单位、全国法文医学特藏中心。

上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院（创建于1896年）、震旦大学医学院（创建于1911年）、同德医学院（创建于1918年）于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院；1985年，更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。

截至2017年12月底，学院拥有重庆南路、闵行两个校区，下设23个学院（系），13所附属医院，开办2个八年制专业（授予博士学位）和7个本科专业；有4个一级学科博士后流动站，8个一级学科博士学位授权点；有国家重点学科（三级学科）16个，上海市重点学科18个，上海高校一流学科9个；7个学科进入ESI全球排名前1%；有教职医务员工25348名，专任教师661名，院士31人；有在校生7927名，其中本科及长学制学生2821名，研究生4842名，留学生274名。