医院是全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地，全国脂肪肝规范诊疗中心，难治性癌痛规范化诊疗示范基地、江苏省博士后创新实践基地。国家药物临床试验机构。医院同时是江苏省传染科医疗质量控制中心、省中西医结合肝病研究中心、省病毒性肝炎诊疗中心、省重症疟疾诊疗中心、省重危孕产妇救治指导中心、南京市消化病临床医学中心、南京地区市级胸痛救治中心建设单位。

医院有国家临床重点专科1个，省重点学科、专科7个，市重点专科4个，国家中医药管理局重点研究室1个。其中感染性疾病科为国家级临床重点专科，感染性疾病学为江苏省医学重点学科。传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病科、结核科为江苏省省级临床重点专科，中西医结合科为江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科为南京市临床重点专科，中心实验室为南京市医学重点实验室。

多年来，医院坚持科技兴院，重视科研发展。近五年获科研成果37项，其中部级奖2项，省科学技术进步奖5项，省卫计委医学新技术引进奖17项，南京市科学技术进步奖5项。承担国家自然科学基金13项，传染病防治国家科技重大专项10项，省部级科研项目30项。编写专著41部，获专利证书34项。发表SCI论文176篇（最高影响因子59.558），中华系列期刊论文90余篇。

“精诚奉献，惠泽民生”。多年来，南京市第二医院坚持公益惠民的宗旨，积极推进医联体建设，并通过 “党员示范岗”“党员志愿者“工人先锋号”“青年文明号”等创建工作，持续提升社会效益。医院以担当社会责任为己任，积极参与非典、重症甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大传染病救治，奔赴四川雅安地震灾区指导卫生防疫工作，圆满完成青奥会医疗保障等各项应急保障任务，积极开展援藏、援疆、援非对口支援。医院先后荣获卫生部“全国抗非先进集体”、中组部“全国抗非先进党组织”、全国抗“非典”工作先进基层党组织、荣获国家卫生计生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”、国家埃博拉出血热疫情防控先进集体荣誉称号。

风劲帆扬，砥砺前行，如今的南京市第二医院，翻开崭新的一页。医院将通过建设江苏肝健康联盟，进一步创新互联网+医院模式，建立分级诊疗和双向转诊机制，不断增强医疗服务核心竞争力和综合实力。通过南京中医药大学、徐州医科大学、东南大学等平台，力争成为专科特色显著、中西医并重、综合能力强的三级甲等医院，并在争创国家级区域医疗中心的道路上，拼搏奋进、开拓创新，不断增进人民群众健康福祉，向着以人民为中心，以健康促小康的目标，不断迈进。