2014年医院获得达芬奇手术机器人和TOMO放疗系统两项甲类配置证，其中泌尿外科达芬奇手术量全国三甲。卒中中心入选国家示范中心，卒中中心、胸痛中心、创伤中心通过省建设单位验收，胸痛中心成为的南京地区胸痛中心质控单位，房颤中心被授予首批中国房颤中心及房颤中心示范基地，心衰中心通过全国首批心衰中心认证。为全省孕产妇急危重症救治指导中心和全省应急紧急医学救援基地。许多医疗技术如严重脊柱畸形治疗、间质干细胞治疗免疫性疾病、小切口治疗复杂心脏疾病、大血管大手术、干细胞修复子宫内膜、生殖医学、移植技术、机器人手术、内镜诊疗等技术水平居于全国前列并在区域形成引领。

把握南京大学“双一流”建设和南京市创新名城建设的契机，做好与学校院系的深层次对接，加快基础与临床研究的高度融合。近年来获得国家杰出青年基金、优秀青年基金等科研项目870余项，近年来荣获国家科技进步二等奖3项，省科学技术一等奖10项，中华医学奖18项，其他省科学技术奖40余项，共计各类科技成果300余项，一大批代表性文章发表在主流期刊上。Nature出版集团自然指数排名全国第5位、江苏第1位。在科技部2017年中国科技论文统计中，鼓楼医院SCI论文发表数全国第28位，上升8位；作为第一作者国际合著论文发表数第20位，上升17位。2014年以来，鼓楼医院与美国霍普金斯合作，共同开展国际化标准化住院医师规范化培训。2018年入选国家教学培训示范中心。

医院落实公立医院改革任务，医药价格综合改革运行平稳顺利，药占比连续多年位居全省较低水平。成为全省新农合医院管理专家成员单位。鼓楼医院以担当社会责任为突破口，不断彰显医院公益性。1996年组建大型医院集团——南京鼓楼医院集团，目前包括19家医疗单位。2015年以来，医院与30家基层医疗单位和社区卫生服务中心建立了区域协同的医疗合作模式。医院借助集团平台、对口支援平台、南京市暨鼓楼医院远程医学会诊中心、南京远程影像诊断中心平台等，帮助受援医院全面提升综合水平，使当地群众得到了实惠。在鼓楼医院帮扶下，2018年高淳人民医院晋级三级医院，宿迁市人民医院通过晋级三甲医院。

医院圆满完成H7N9禽流感防治、苏州爆炸伤员救治、青奥会医疗保障等各项应急保障任务。医院与美国、德国、澳大利亚、日本等国家和地区建立交流合作，医护人员志愿到非洲等地开展帮扶合作，彰显鼓医人文博爱。2018年由鼓楼医院10人参加的第27期援桑医疗队圆满完成赴桑给巴尔1年的援外医疗工作任务回到国内，被国家卫健委授予“全国援外医疗工作先进集体”。

2004年以来鼓楼医院在全国创新性开展人文医院建设的研究与实践，提出“建设全优质研究型人文医院”的目标。2007年建成国内知名的西医院历史纪念馆，被定为江苏省对外文化交流基地、南京市爱国主义教育基地。2012年南扩新大楼正式启用，充分彰显人性化、现代化、智能化、精细化理念。医院连续多年位居全省三级医院患者满意度前列，被评选为全省群众满意的医疗机构。

医院先后被评为全国医院管理年先进单位、全国文明单位、优质护理服务考核优秀医院、卫生系统先进集体、城市医院文化建设先进集体、卫生系统行业作风建设先进集体、有突出贡献先进集体、医院改革创新奖等百余项奖项和荣誉。医院新大楼荣获世界建筑新闻奖和鲁班奖。2015年荣获中国医院管理团队奖，2016年荣获中国研究型医院建设示范单位、全国改善医疗服务示范医院、全国医院后勤管理创新先进单位、全国公共机构节能示范单位等。

2017年荣获国家卫生计生委“2015-2017年进一步改善医疗服务行动计划”示范医院、示范科室、示范个人等荣誉。2018年在全省首家通过了HIMMS 6级评审及HIMMS 7级初审，入选全国首批建立健全现代医院管理制度试点医院，成为中国医院品质管理联盟组织的多维管理工具应用示范医院，优质研究型人文医院建设案例荣获首届全国医管精典案例运营管理奖，三元联动安宁疗护工作模式荣获亚洲医院管理卓越奖。