医院牵头成立了重庆市首家医院集团（医联体），即“重医一院医院集团”，集团以院本部为核心，包括3家直属部门与单位（第一分院、金山医院、青杠老年护养中心）、15家市内托管医院（大足区人民医院、海扶医院、綦江区人民医院、万盛经开区人民医院、酉阳县人民医院、合川区人民医院、璧山区人民医院、梁平县人民医院、南川区人民医院、潼南区人民医院、铜梁区人民医院、忠县人民医院、长寿区人民医院、渝北区人民医院、城口县人民医院）、5家市外帮扶医院（西藏昌都市人民医院、新疆石河子市人民医院、陕西省渭南市人民医院、陕西省富平县人民医院、海南省万宁市人民医院）。

院本部拥有PET-CT、医用电子直线加速器、高剂量率三维后装治疗系统、炫速双源CT、宝石能谱CT、128层螺旋CT、3.0T MRI、1.5T MRI、平板DSA、SPECT、高强度超声聚焦肿瘤治疗系统、影像引导放射治疗系统（IGRT）等一批大型医疗设备。 

院本部拥有973首席科学家、国家杰出青年基金获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、长江学者、卫生部突出贡献专家、第45届南丁格尔奖章获得者等在内的一大批学术造诣高、临床经验丰富的知名专家。拥有教授295人，副教授399人，博士生导师72人，硕士生导师409人，享受政府津贴专家37人，现任国家级学会、协会学术职务667人次，重庆市学术技术带头人及后备人选47人，重庆市医学会正副主任委员58人次，重庆市医师协会正副会长45人次。 

院本部形成了以神经科学、肿瘤学、脂糖代谢、眼科及重症医学等为代表的“五大优势学科群”。设有临床医学博士后流动站，博士学位授权点32个、硕士学位授权点36个。已建成国家级重点学科2个（内科学-传染病学、神经病学）、国家中医药重点学科1个（中西医结合临床）, 国家卫健委“功能性脑疾病诊治重点实验室”。获批成为国家临床教学培训示范中心。拥有重庆市高校重点学科34个、重庆市医学重点学科11个,重庆市重点实验室6个。承办统计源期刊《中华内分泌外科杂志》。近5年（2013—2017）来承担包括国家973项目、国家高新技术研究发展计划(863计划)、国家自然科学基金重点项目、国家重点研发计划等各级纵向科研课题812项,获得国家科技进步二等奖在内的各级科技成果奖38项。2017年国内收录论文数居全国医疗机构第20位。 

荣誉奖项众多 院本部先后获得“全国百佳医院”“全国卫生系统先进集体”“全国医院文化建设先进单位”“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、国家卫健委“2005-2007年度全国医院管理年活动先进单位”和“全国卫生系统护士岗位技能竞赛”金奖、国家卫健委“2017年度改善医疗服务示范医院”、国家卫健委“优质服务示范医院”等一系列荣誉称号。